1949年，解放军和平解放新疆，新疆军区成立，甘祖昌担任后勤部副部长。其时，敌特支持投机倒把分子新疆扰乱物价，大肆垄断黄金银圆，妄图从经济上困死解放军。甘祖昌低价将银圆投入流通市场，打击奸商气焰，稳定市场，稳定新疆政局。其后，敌特分子为报复甘祖昌制造车祸，致甘祖昌头部重伤。
1955年，甘祖昌被授予少将军衔，但脑震荡后遗症严重，自觉不再适合服务军队，自请辞职，加之回家后看到家乡虽解放但老乡生活仍很贫困，解甲归田，回到老家江西莲花县沿背村。回乡之后，他不辞辛劳，他修整水旱田，修建水库，创建公社农科所等。甘祖
