卡辛杀死了名为月亮的太阳——少女露娜，使世界逐步走向毁灭，万物无法修复，只有带来毁灭的卡辛自身保有永生不死，却失去记忆。于是卡辛展开一场赎罪、追寻的漫长旅程，就算本性善良，但所经之处却不断着的轮回着杀戮与死亡。

伴随着魂导科技的进步，斗罗大陆上的人类征服了海洋，又发现了两片大陆。魂兽也随着人类魂师的猎杀走向灭亡，沉睡无数年的魂兽之王在星斗大森林最后的净土苏醒，它要带领仅存的族人，向人类复仇！生活在斗罗大陆上的少年唐舞麟因为武魂是蓝银草，一直被嘲笑轻视。一次意外受伤中他发现：自己身体里面有一条金色的龙，由18道封印封禁，守护着自己的那缕神识告诉他，如果不逐步解开封印，自己将爆体而亡。

2100年，人类建立起了比较完善的社会系统，在此基础上，人类开始了向外宇宙进发的计划。正在这种扩张欲望开始无限膨胀时，没有人预料到一直隐藏在微观世界中的一种被称为RYNAX的物质出现了，这是一种希望拥有更广阔空间的物质，它一旦"溢"出，不把整个空间填满不会停止侵袭，而且它会将所有遇到的物质转化为原子，如果RYNAX"溢"出人类世界，后果将不堪设想。故事设定本身涉及了很多微观世界的理论，估计意欲借微观世界