奇趣特工队一如既往保护着小镇和平，然而来自未来的少女青青向特工们传达了一件紧急状况。一名未来世界的坏蛋柠檬博士，企图穿越时空捣乱破坏所有关键时刻。为了保护世界，奇趣特工队化身超时空奇兵，回到不同地域不同时代的过去，并和各个时代的伟人名人并肩合作，展开了一场了解过去，守护过去，拯救过去的时空大作战。

大启泰顺年间，太子封瑾琰常年卧病药石罔效，皇帝别无他法请国师伍年行招魂之法。却没想到伍年招来的，是九百年前开国太子封无豫的魂魄。随着种种事件的超能展开，一场延续了900年的覆国阴谋逐渐浮出水面。

哈小浪和他的伙伴们在经历了星城守护战后，得知他们的星球将会引来更多的外星怪物侵略。为了守护自己的星球，哈小浪等人决定去宇宙超能联盟学习，正驾驶着宇宙飞船前往宇宙超能联盟报道的星狗们，突然收到了名叫“星域之星”发出的求救信息。因此哈小浪等人的飞船便紧急降落到“星域之星”里，一场大冒险故事即将开启。

麦圈家的小狗从祖先那里继承了超能力。一天，他接到了来自动物星球的呼救电话，被封印在北极冰原的邪恶力量正在复苏。于是，他带领一群动物伙伴从南半球出发，开始驱除邪恶力量的爪牙，途中结识了好多的同伴，克服种种困难，一直深入到北极冰原的中心，终于再次封印邪恶力量。

　　【本字幕由极影字幕组协力译制】故事的主人公兰是个拥有超能力的开朗又精神的中学一年级女生。同样也拥有超能力的同级生名波翠、綾瀬留衣和她一起被卷入一系列不可思议的事件。通过他们面对各种事件，兰起初对自己的不可思议的力量感到烦恼，尽管接触到了人心中不好的部分，但在家族和朋友的支持下，逐渐接受了他人所谓不同的“自己”的存在而成长起来。　　在兰他们面前发生的各种事件之谜，到底这三人会如何如何去解开呢？　　由青鸟文库出版的小说《超能力少女 兰》被NHK电视台动画化。小说作者是あさのあつこ，代表作是风靡日本的《野球

从这一季开始更换了片尾曲，体现出超人的进一步成长，要处理更困难的局面,对付更黑暗的敌人。