有 230 万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……

统领十二星座的方氏一族是当今世界上最强大的家族，而本该继承统领之位的狮子座万适存（白澍 饰）却遭到了方太太的陷害，她派出刺客企图除掉万适存，并且大力扶持自己的儿子方天泽（肖战 饰）上位。 一晃眼多年过去，超能星学院迎来了一位转校生程芝儿（王玉雯 饰），哪知道这个可怜的女孩初来乍到就因为得罪了天秤座会长李亚当（彭楚粤 饰）而遭到了同学的排挤，不仅如此，她和方天泽、霍贝贝（徐晓璐 饰）三人亦陷入了复杂的三角关系之中。幸运的是，程芝儿在校园之中遇见了并不知道自己身世的万适存，后者向她伸出援手，甚至为了她而参加了

故事讲述了高中生齐木楠雄是超能力者，拥有心灵感应、念动力、透视、预知、瞬间移动、千里眼等。但这任谁都羡慕不已的最强能力，实际上对于本人而言是引来灾难的不幸元凶。因此他在别人面前封印了超能力，以不起眼、不和他人有所牵扯为信条，默默无闻地过日子。但不知为何他的身边总是聚集着不可思议的人类（生物），风暴般的灾难接连不断地降临。

　　【本字幕由极影字幕组协力译制】故事的主人公兰是个拥有超能力的开朗又精神的中学一年级女生。同样也拥有超能力的同级生名波翠、綾瀬留衣和她一起被卷入一系列不可思议的事件。通过他们面对各种事件，兰起初对自己的不可思议的力量感到烦恼，尽管接触到了人心中不好的部分，但在家族和朋友的支持下，逐渐接受了他人所谓不同的“自己”的存在而成长起来。　　在兰他们面前发生的各种事件之谜，到底这三人会如何如何去解开呢？　　由青鸟文库出版的小说《超能力少女 兰》被NHK电视台动画化。小说作者是あさのあつこ，代表作是风靡日本的《野球

从这一季开始更换了片尾曲，体现出超人的进一步成长，要处理更困难的局面,对付更黑暗的敌人。