1949年春，为破获保密局暗杀小组，争取国民党某兵团起义，松江市公安局专案组启用隐匿在民间的狙击高手苏文谦担任顾问，对抗保密局派出的一号杀手池铁城。苏文谦曾是与池铁城搭档多年的杀手，在与专案组成员一次次同生共死的考验中，曾发誓不再拿枪的苏文谦真正认识到了共产党才是中国的希望与未来，真心实意站到了人民一边，也重新找回了持枪的理由，决心不惜一切，挫败暗杀阴谋。两个一流的狙击高手因此展开了一系列斗智斗勇、惊心动魄的狙击对决。而这一场看似毫无关联的暗杀与反暗杀的较量，又关系着前方十万大军的生死命运。

专针对警察的连续杀人案件发生了，警察内部引起巨大的回响。对于想得到案件情报的小五郎，目暮警部却意外地守口如瓶。看到如此情况的柯南，联想到事情可能和警察部有莫大的关系。然后，下一个被枪击的目标居然是佐藤刑警!刚巧在案发现埸出现的小兰受到案件的刺激而被弄至失忆!犯人为了杀人灭口，于是企图把唯一的目击证人杀害!深知情况严重的柯南，为了保护小兰，不惜孤身犯险去把犯人找出来!

由“黑色”裁决“黑色”——德国，加拿大，以及（英国）伦敦。黑衣组织所制造的暗杀案件在世界各地接连发生！目标的共同点是？组织的目的是？不久，琴酒就将魔爪伸向日本。这场暗杀大戏不过才刚刚开始。宿命的相遇，突然——东都水族馆进行了大规模翻新。为了观赏那里的特色——世界第一个二轮式巨大摩天轮而来到此处的柯南一行人与那里一位受伤的神秘女性相遇。她似乎由于某种原因丧失了记忆。线索只有已损坏的手机。柯南与少年侦探团一起，决定帮助她找回记忆。这时，灰原觉察到了异样。这个女性，是左右眼颜色不同的“双色瞳”的拥有者。

暗杀是一种政治手段，清除敌对势力关键人物意义重大，风险也巨大。