在家长重重压力下想要离家出走的大雄、胖虎、小夫和静香，在哆啦A梦的协助下来到了七万年前的地球。在创造属于自己的世外桃源时，他们偶遇神秘少年古古儿，继而被卷入了光明族和黑暗族的部落争斗之中。大家齐心协力智斗巨尊比，不想却发现了一个惊天秘密……

大雄因为搞砸了科幻片的拍摄被小夫与胖虎责骂，于是哆啦A梦拿出道具让大雄自己拍电影，在拍摄过程中静香的兔子玩偶失踪了，后来在大雄家被发现，晚上哆啦A梦以为有老鼠而大吵大闹，结果意外发现巴比逃到大雄家来。听过巴比的讲述后，大雄与哆啦A梦决定帮助巴比，也找来小夫、胖虎与静香协助，然而PCIA得知了情报趁著大雄他们外出的空档抓走静香做为人质，要巴比自身来交换，并且带走缩小灯让大雄等人无法恢复原状，不顾大家的反对巴比秘密离开让自己被抓走换回静香。当大家知道巴比将会被送回星球审判然后处死时，便搭上巴比的太空船前往匹里

《哆啦A梦：大雄的金银岛》所讲的故事里，大雄不再那么怯懦，静香变得勇敢，胖虎不再只欺负同伴，哆啦A梦的道具也都不是万能的了，海盗们拥有的设备居然比哆啦A梦还要先进！小伙伴们还意外的陷入了绝境，命悬一线，面对危机，哆啦A梦与小伙伴们将如何应对？这一切，都将发生在故事里这个叫金银岛的地方。

生活在日本东京的野比大雄（大原惠美 配音），是一个学习不上进、日常迷迷糊糊并且饱受同学欺负的男孩。他的性格不仅左右着自己的事业和婚姻，还对未来子孙产生莫大的影响。为此，大雄孙子的孙子世修（松本さち 配音）带着猫型机器人哆啦A梦（水田山葵 配音）乘坐时光机突然来访，期望彻底改变大雄及整个家族的命运。在哆啦A梦的帮助下，大雄不再受到胖虎（木村昴 配音）和小夫（关智一 配音）等人的欺负，他喜欢美丽的女孩源静香（嘉数由美 配音）。为了实现和静香结婚的命运，他和哆啦A梦穿越时空，见证了决定人生的最关键的时刻和事件。