已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。船员们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。不久到达波利斯的4名队员，而等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前却出现了人类认定已经灭亡了的怪兽。　　就在同一时刻,驾驭怪兽的青年也出现了!而他的目的又是什么呢......?

从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被捲入了这场争斗的漩涡中。就像凯特的遗言一样，崭新的雷奥尼克斯格斗已经开始了。